A ilha de Santo Antão é uma das mais importantes do arquipélago, devido à sua rica biodiversidade, tanto a nível terrestre quanto marinho. Apresenta 47 espécies endémicas, sendo 11 endémicas restritas de Santo Antão.
Possui 506 espécies de plantas vasculares (478 espermatófitas e 28 pteridófitas) sendo que em torno de 90 são endémicas de Cabo Verde.
As aves estão representadas principalmente pelas espécies listadas a seguir: Falco tinnunculus ssp. neglectus (Passarinho), Passer iagoensis (Pardal de terra), Corvus ruficollis (Corvo), Tyto alba ssp. detorta (coruja), Buteo buteo ssp. bannermani (Asa curta/bion) e Pterodroma feae (Bior) e Calonectris edwardsii (Cagarra).
Sobre a biodiversidade marinhas temos a Tartaruga cabeçuda (Caretta caretta) que é a espécie nidificante da ilha, porém no mar pode-se encontrar outras 4 espécies de tartarugas marinhas.

A ilha de Santo Antão tem 5 Áreas Protegidas de acordo com o Decreto-Lei nº 3/2003 e mais algumas áreas com grande potencial para serem propostas como futuras áreas destinadas à proteção. A porção terrestre total dessas Áreas Protegidas ocupa 197,67km2 da ilha enquanto que a parte marinha, 44,3km2.
O grande potencial da ilha em termos ambientais torna primordial a existência de uma equipa técnica com capacidades em gestão de áreas protegidas para que todo o património existente seja gerido de forma sustentável e participativa, através do apoio das comunidades locais.